$('a[href $= ".pdf"]') // .pdf へのリンクについて、
 .removeAttr('target') // target = "_blank" 等を無効にする。(onclick との競合を避ける)

 .click(function(event){ // クリックされたら
  var uri = $(this).attr('href') ;
  window.open(uri, '_blank') ; // 別窓で開いて

  return false ; // すでに別窓で開いているので、ページ移動を無効にする。
 }) ;